Simulazioni molecolari
a.a. 2021/22
Responsabile didattico: Andrea Melchior
Docenti: Andrea Melchior, Matteo Busato, Daniele Veclani
Durata: 28 ore
Programma: Revisione di concetti base di termodinamica classica applicati a sistemi chimici e biochimici (energia libera, equilibrio). Elementi di termodinamica statistica (microstati, entropia statistica, insiemi statistici, funzioni termodinamiche). Simulazioni Monte Carlo, Dinamica Molecolare, force fields, minimizzazione dell’energia, condizioni periodiche, interazioni elettrostatiche/van der Waals, algoritmi di simulazione, termostati e barostati. Analisi delle traiettorie: proprietà chimico-fisiche di un liquido; funzione di distribuzione radiale, coefficienti di diffusione. Calcolo di energie libera (potenziale della forza media). Verranno effettuate esercitazioni pratiche di dinamica molecolare utilizzando software di uso comune (gromacs, dl_poly) nelle applicazioni orientate al calcolo di proprietà chimico-fisiche di molecole in soluzione, materiali e sistemi biologici.